alaybourn - 1 year ago 139
R Question

# How to subset a raster by cell number in R?

I'm trying to subset a raster based on cell numbers. I want to provide a vector of cell numbers and return a raster with the original cell values for those cells referenced in the cell numbers vector. I tried the

`rasterFromCells()`
function but this seems to interpolate between cell numbers and doesn't return values, but rather cell numbers. I've tried:

``````#original raster loaded with 400 sample values ranging from 1:24
foo <- raster(ncol=20, nrow=20)
foo[] <- sample(seq(1,24),400,replace = TRUE)
#vector of desired cell numbers
my.pts <- c(2,20,200)
#rasterFromCells attempt
bar<-rasterFromCells(foo, my.pts, values=TRUE)
``````

How can I return a raster layer with
`foo`
's values for cell numbers 2, 20 and 200 and all other cells as
`NA`
?

If you want to create a new raster with the values at only the cell locations in `my.pts` replaced by the values at those cell locations in `foo` and all other cell values set to `NA`, you just have to:

1. create a raster (i.e., `bar`) the same size as `foo`.
2. fill it with `NA`s
3. Use `bar[my.pts] <- foo[my.pts]`

For example:

``````library(raster)
set.seed(123) ## for reproducible results
foo <- raster(ncols=20, nrows=20)
foo[] <- sample(seq(1,24),400,replace = TRUE)
#vector of desired cell numbers
my.pts <- c(2,20,200)

## create raster the same size as foo filled with NAs
bar <- raster(ncols=ncol(foo), nrows=nrow(foo))
bar[] <- NA
## replace the values with those in foo
bar[my.pts] <- foo[my.pts]

foo[my.pts]
##[1] 19 23 14

bar[]
##  [1] NA 19 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 23 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [32] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [63] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [94] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[125] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[156] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[187] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 14 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[218] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[249] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[280] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[311] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[342] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
##[373] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
``````

Another approach to accomplish the same result is to copy `foo` to `bar` and then set all cells locations not in `my.pts` to `NA`s:

``````bar <- foo
bar[setdiff(1:ncell(foo),my.pts)] <- NA
``````
Recommended from our users: Dynamic Network Monitoring from WhatsUp Gold from IPSwitch. Free Download